特定基金に関する負担金などの損金算入特例に対し、適用の対象から下記の負担金などが除かれます（所得税に対しても同様）。
≪１≫都道府県青年農業者等育成センターから行われる就農支援業務の基金に補充することを目的とした負担金
≪２≫独立行政法人環境再生保全機構から行われるポリ塩化ビフェニル廃棄物処理費用助成等の業務に関する基金に補充することを目的とした負担金
≪３≫農地利用集積円滑化団体から行われる農業構造の改善や農用地の利用集積の円滑化などの業務に関する基金に補充することを目的とした負担金
≪４≫債務返済機構・独立行政法人日本高速道路保有から行われる退職金支払確保契約の業務に関する基金に補充することを目的とした同契約に対する掛金
≪５≫特定事業を経営する人に対する信用保証を行うための業務（漁業信用基金協会、信用保証協会、農業信用基金協会が経営する業務は除外）に関する基金に補充することを目的とした負担金
≪６≫水産動物の種苗の生産や放流、その放流に対する水産動物が増殖されることによって漁業生産が増大することに関する経済効果の実証などの沿岸漁場の開発・整備に寄与する業務に関する基金に補充することを目的とした負担金
