特定基金に対する負担金などの必要経費算入特例に対して、適用対象から下記の負担金などが除かれます。
（１）特定事業を経営する人に対する信用の保証をすることが目的である業務に関する基金に補充するための負担金
（２）水産動物の種苗の放流と生産、またはその放流に関する水産動物の増殖で漁業生産を増大することに関する経済効果の実証などの沿岸漁場の整備・開発に寄与するための業務に関する基金に補充することが目的である負担金
（３）農地利用集積円滑化団体から行われる農業構造の改善、農用地の利用集積の円滑化などに関する業務の基金に補充することが目的である負担金
（４）都道府県青年農業人など育成センターから行われる就農支援業務に関する基金に補充することが目的である負担金
（５）独立行政法人環境再生保全機構から行われるポリ塩化ビフェニル廃棄物処理費用助成などの業務に関する基金に補充することが目的である負担金
（６）独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構から行われる退職金支払確保契約に関する業務の基金に補充することが目的である同契約に関する掛金
