公益法人などに財産の寄附を行った時の譲渡所得などの非課税の特例に、下記の措置を設けることにします。
（１）国税庁長官の非課税承認の要件の一つである「寄付者の所得税などを妥当でない減少がないこと」を満足させることを目的とする条件に、株式の寄附を貰った公益法人などが当該の寄附でその株式発行法人から発行がされた株式の総数の半分を超過してもつことにならないということを追加します。
（２）公益法人などが寄附などで貰った株式などを株式交換などで譲渡し、その株式交換で貰った株式を継続して公益を目的とする事業用として直接使う時は、一定要件を満たしてから非課税特例の継続適用をされることが可能になります。
（３）公益法人などは、合併や買換えなどで寄附財産の移転を行う時、事前届出を出すことで非課税特例が引き継がれる措置が適用されることから、その寄附財産を特定して申請することなどの一定要件を満足させてから、非課税承認対象財産に当たるかの確認を国税庁長官に要求することが可能となります。
（４）非課税承認を貰った寄附財産を持っている公益法人などが事前届出を出さずに、合併などで寄附財産を他の公益法人などに移転を行ったとき、他の公益法人などから移転してもらった財産に非課税承認対象財産が含まれていることを知った日から2カ月以内に届出を出すことなどの一定要件を満足させてから、非課税特例の継続適用のされることが可能となります。
（５）地方独立行政法人の法施行令が改正され、動物園、植物園、水族館、美術館、博物館などの管理・設置の義務のある地方独立行政法人への財産寄附に関する非課税承認の風に関して、他の業務をする地方独立行政法人と同様の扱いになります。
（６）非課税承認を取り消すことで公益法人などに聖徳税が賦課される時に関して当該の公益法人などがその取消が生じた年の前に解散・合併をした時の納税義務の成立の時期と課税年分、確定申告の期間について、下記のようにします。
a.確定申告期間：解散などの日から2カ月以内
b.課税年分：下記のcから決められる日の含まれる年分
c.納税義務の成立時期：解散などをした日
